新型农村合作医疗采取的是自愿参与，多方筹资、大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。这种运作模式以湖南为例，有以下几个特点：1、以大病补偿为主。2、区分大病与小病的标准是住院与没住院，没有住院的没有报销。3、根据定点医疗机构的补偿比例来看，补偿比例较高的是乡镇卫生院，比例为55%。这其实是一种悖论：1、根据乡镇卫生院治病中的较高比率55%看，制度的设计有一个良好的愿望，即希望村民有病尽可能就近治疗，以缓解大医院看病难的压力。2、以大病补偿为主，其实乡镇卫生院是看不了大病的，而能够看大病的县级以上医院不但药价奇高而且补偿的比例低。3、以住院没住院来区分能否报销与否显然是不科学的，说得不好听一点就是愚弄村民，为什么呢，因为一般的村民一般是不愿在医院住院的，而且乡镇卫生院离家也较近，真正要住院时那就说明该村民已完全动不得了，要住院，也只能住到县级以上医院了，那么制度设计中的到乡镇卫生院看病所给出的较高报销比率其实就是在和村民调口味，况且乡镇卫生院几张简易床上放着几床烂棉絮，一年难得洗几次，几乎就没有专门的护士，躺在乡卫生院和躺在家里没多大的区别。再者，好多的常见伤、病几乎就是不需要住院的，可就是这些常见的伤病其治疗费用亦高得惊人，有村民一受伤的手指花了三、四千就是一分也报不了，一般的痔疮一两千元断不了根，治一例结石就是七、八千等。这些都是不用住院的，无法报销的。

　　其实新型农村合作医疗其制度的设计首先保障的是医院的利益。其实质是在玩一出由政府及各方多渠道筹资养肥各大医院的游戏;外在表现为政府调农民的口味,大医院调小医院的口味。它与20多年前的农村合作医疗相比已是完全不同的两回事。它既是对医患资源来一次有序的再分配，同时也让各级医院分食新型农村合作医疗的蛋糕提供了制度上的保障。